到了1503年的9月份，由阿方索·德·阿尔布克尔克率领的葡萄牙船队抵达科钦外海，顺利地会见到科钦君主，并帮助他驱逐卡利卡特军，返回大陆。
阿尔布克尔克对于马拉巴尔海岸先前的局势并不了解，为此，他立马咨询幸存的商栈负责人和传教士有关于达·伽马返航之后发生的事。
“尊敬的司令官阁下，我该如何称呼您。”葡萄牙在科钦的代理商满脸感激，还恭敬地行礼，好像阿尔布克尔克是国王一样。
司令官的简短地回答道：“阿方索·德·阿尔布克尔克，只是奉国王之命将香料运回里斯本罢了。还请你告诉我你们遭遇了什么可怕的事。”
阿尔布克尔克先是询问索德雷兄弟的下落，依照他在非洲得到的消息，达·伽马返航时安排了索德雷兄弟率领一支舰队留守。
“司令官阁下，索德雷兄弟罪有应得，主让他们接受了应有的惩罚。”代理商的话语让阿尔布克尔克有些疑惑，不过他没有直接插入问题，而是耐心听完代理商对事件的叙述。
“尊敬的国王曼努埃尔陛下曾为索德雷兄弟指派封锁红海航道的命令，但陛下的命令本意是好的，却被这两个混蛋执行歪了。在达·伽马司令官返航后，作为唯一有能力保卫葡萄牙利益的索德雷兄弟选择不顾同胞死活，借着曼努埃尔陛下的命令去自己袭击商船捞油水，等到扎莫林进攻……我们根本抵达不住，还好还有两个富有荣誉感和责任心的船长选择留下帮忙，这才在主的庇佑下逃出生。
“至于索德雷兄弟，主给予他们的惩罚便是海难！其中诸多船员无法忍受良心的谴责和主的惩罚，自发地将顽固的二人杀死，这才平息主的愤怒，让他们能够将这一喜讯告知我等。”
阿尔布克尔克消化着代理商的这两段话，虽然在科钦还有葡萄牙战舰存在，可负责指挥的索德雷兄弟已经身亡。然而卡利卡特对科钦的威胁依然存在，这是个大麻烦。
“这真是不幸。”阿尔布克尔克不知是为了索德雷兄弟还是科钦的葡萄牙商栈感叹一句。
自他出航以来，不幸的事似乎就缠上了他。今年曼努埃尔为船队指派了两个司令官——阿方索和他的堂兄弟弗朗西斯科。但弗朗西斯科在南大西洋毙命，剩余船只的指挥权就这样全部集中至他一人之手。
等他费劲艰险抵达马拉巴尔海岸时，却突然发现局势糜烂，需要他出手整理，而曼努埃尔给他的命令仅是为里斯本采购香料，没有其他授权。
这就意味着，为了保卫葡萄牙的利益，他需要违抗国王陛下的命令。
沉吟一会，他道：“我想觐见科钦的统治者，有要事与他相商。”
“好的，司令官阁下，我这就去联络，还请您静候佳音。”代理商再度行礼后转身离开。
阿尔布克尔克很快就面见到科钦君主，他先是得到了印度饶感谢：“若非阁下及时赶到、出手相助，我很可能就要死于岛上。”
“对于您这样忠诚守信的盟友，出手相助是我等应尽的义务。”完客套话，阿尔布克尔克直接切入正题：“您和我都知道，科钦处于巨大的危险之中，为了应对这一危险，我请求您可以提供人力和材料修建一个坚固的堡垒。”
这让科钦君主迟疑起来，他十分怀疑修造堡垒能不能挡住扎莫林的大军，一想起为了掩护众惹船而断后战死的侄子和数百武士，他的心头就涌上一股绝望。
“司令官阁下，我的当务之急是重建城市，对于您的请求，恐怕……”科钦君主迟疑地推诿道。
“陛下，我不得不提醒您扎莫林的威胁！如果您不能从恶魔的魔爪之中保卫她，那新建的城市再辉煌繁荣又有什么意义呢？用来犒赏扎莫林的士兵们么？”
在阿尔布克尔克强硬地劝下，科钦君主最终还是同意了为新堡垒的修筑调拨足够资源，得到满意答复的司令官随即前去勘察地形。
与司令官一同勘察地形、选择地址的还有杜阿尔特·帕谢科·佩雷拉，此人不仅是一艘战舰的舰长，还是一个学识渊博的学者。
科钦的地形可以称得上易守难攻，城市坐落在伸向水域的半岛上，泻湖和注入水域的河流阻挡在大陆和半岛之间。
阿尔布克尔克和佩雷拉走到半岛的顶端，此处可以监视泻湖的出口，同时有河流网络相护，敌饶进攻路径狭窄难行，二人一致选定此处用于建设要塞。
接下来的时间里，司令官一面安抚留守科钦的葡萄牙人，同时还要主持堡垒的修建和货物的买卖。
因为时间紧张，这个堡垒主要是由木头建成，仅有主楼使用石料修筑，布局为方形。木质外墙之外还挖有壕沟引水作护城河，各类工事完备。
从开工到竣工，这个堡垒的工期仅一个月，这得益于科钦君主为阿尔布克尔克提供的充足的资源，让葡萄牙工程师能在建材和工人极为丰富的情况下快速完成工程。
在堡垒竣工之日，葡萄牙人为此举行庆典，所有人都拿出最光鲜服饰穿着，堡垒各处旗帜招展，尽显华丽和醒目。科钦君主也出席参加，他穿着华服、乘着大象，在武士的簇拥下参观这这个堡垒。
阿尔布克尔克在庆典上对参加的葡萄牙军官和科钦要人道：“在主的庇佑和盟友的支持下，这座坚固的堡垒得以如同奇迹般在一个月之内落成……”
“最后，我决定将这座堡垒献给我的君主曼努埃尔，为表忠诚和恭顺，此堡将用我主陛下曼努埃尔之名命名。”阿尔布克尔克最后确定了堡垒的名字。
自瓦斯科·达·伽马抵达卡利卡特以来，这是葡萄牙在印度首次取得真正稳固的据点，科钦的葡萄牙堡垒落成是阿尔布克尔磕一步，更是葡萄牙殖民事业的一大步。
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