攻下金陵，在一众诸王候选人中表现最好希望最大的旭烈兀，面对铁木真的忽然阵亡，又被忽必烈抢了先手，接管了西夏战局，无疑是最焦急的。
但他却无法回去。
灭了南宋皇室一门的仇，已被整个南宋百姓惦记上了，各种起义义军如雨后春笋层出不穷。当然这些义军也是在南宋朝廷迟迟没有命令下达到地方后，才逐渐演变出的形势。
既得罪死了南宋，不能快速脱离又不能扔下投靠他的“仆从军”，包括张弘范、刘整在内的汉人将领皆是难得的人才，一旦撤离南宋，再回来的难度会呈几何级数的增加，索性一不做二不休，追着南宋残余势力追杀不放，誓将其彻底灭掉。
金陵城内皇室死绝，但临安城破之际，却有幼年卫王赵昺托庇于大臣陆秀夫家中，未及随大军北上，不想却因祸得福逃过一劫。当然，更多的劫数显然还在后面。
再次打起南宋皇室大旗的赵昺在南宋军民拼死保护下，一路南下。旭烈兀大军则紧追不放，韩侂胄军团负责殿后整合不断前来勤王的人马，对蒙军进行阻击作战，却每每在关键时刻军中消息泄露出去，以致蒙军总能抓住宋军兵力铺开后的薄弱之处，打得其节节败退、逐渐溃不成军。
兼山书院院长黄裳本已厌倦打杀，这才转而当了院长，教授文章。在面对一众弟子的请求以及蒙古杀戮的暴行后，终于出山袭杀旭烈兀，却被里赤媚拦住，在蒙古军营之中敌兵众多，无奈退走。
不想第二日就有魔神庞斑杀上门来，只一拳便将其击杀，下震怖。
在其后不到两个月内，旭烈兀大军一路南下，最后由先锋张弘范崖山一战覆灭南宋最后的官方抵抗力量，陆秀夫被逼背着幼帝赵昺跳海殉国，数万百姓军民投海相随……
南宋玩家再次经历一次极其糟糕的游戏体验，面对更高等级的海船军舰，在海上作战根本发挥不出人数优势，深刻感受到了灭国的切身之痛。
论坛一度遭到爆破，要官方给个法。
不过官方对此并不理睬。
有玩家猜测，这可能是剧情杀……
只是铁木真虽死，但单凭一个旭烈兀，竟然也灭了南宋，这是玩家所没想到的。到了这时，玩家似乎才想起来，历史上的南宋也不是忘在铁木真手上，甚至他连南方都没来过。
另一边慕容复接到竟陵飞鸽，有慈航静斋的仙子求见，他以为师妃暄出山，紧忙从山返回竟陵，不想来者竟是秦梦瑶。
他很轻松就看出来仙子气色不对，蒙着一层死灰之气。经过初步了解和诊断，才发现其心脉已断，本该命绝，只是梦瑶仙子以自身功力强行连接心桥，却不知何时会忽然断开。
“慕容兄不必为我担心，人生老病死皆有定数。比起梦瑶自己的性命，我更好奇慕容复兄是如何建设竟陵城的，能否带梦瑶逛上一逛？”
秦梦瑶语气淡然，丝毫不为自己的性命忧虑，出尘的气息让人一见难忘。
和师妃暄洛神般的清丽脱俗不同，秦梦瑶的五官更加精致，一头黑缎子般的秀发让这份精致更加明丽照人，而她本拳然的眼神却完全不将这份美貌放在眼中，只有着对道的追求和执着。
“你们慈航静斋的女人，永远都不把自己当回事吗？”
慕容复嘴上吐槽，做了个请的手势。
“身体不过是一副皮囊，何必着相。静斋开派祖师地尼师太曾坐闭死关，以精神飞升上届，后传下补全的《剑典》。只是补全部分太过宏大难懂，梦瑶现在也不过初窥门径。”
两人并排而行，沿城中宽敞整洁的街道而走。
“一谈起武学，梦瑶倒似乎兴致勃勃啊。既如此，何不将伤势尽力治好，以便继续追寻道？实不相瞒，对于你的病情，在下略有把握，或可医治。”
慕容复双手负于身后，配合看似缓慢的步法，显得胸有成竹。
“只是治疗之时，男女有别或多有不便。不过梦瑶仙子既觉身体乃外物行囊，想来不会在意这些。”
秀发几可及臀的秦梦瑶，那迈动中的长腿微微一滞，旋即落地继续向前，面容似乎一成不变。
“好，我会配合慕容兄弟，希望你的医术真能起死回生。”
慕容复微微一笑，感受到身旁仙子的气息微微有着一瞬的凌乱，适可而止的打住话题。他结合原剧情，知自己体内那半部修改过的“道心种魔”，应可将其治好。不过还需先培养感情，以免对方伤好之后便飘身远去……
——
时间荏苒。
忽必烈灭亡西夏，在大祭司及收买的诸多大臣支持下，单方面宣布继承汗位。其他领兵诸王在外的诸王并不承认，索性统兵在外建立各自的势力，就地发展。
慕容复以竟陵为中心，四面发展，亲自统兵向东南灭掉杜伏威，将势力延伸到长江沿岸，与“梁国”隔江相望，打了几次胜仗，将其想要向北的野望打掉，迫使其只能向南发展。
同时一众联盟势力“双修府”“快活林”“巨鲲帮”等等俱都搬到江北，整合力量，稍事休整，继续沿江向东进兵，在扬州“参龙帮”为内应下，轻松击溃李子通，重夺扬州。一战之下，扬州损失不大，城内稍有起色的经济、人气，并未因此再遭重创。
在慕容复不断发展之际，紧挨着他的“夏国”窦建德则和他似有默契般的先处理自家内部事情，回兵山东，艰难击退阿里不哥大军，迫使其只能将目光转向“软柿子”尚之信。
原本尚之信大军算不得软柿子，奈何对手都太过强大，手下将领不少，却几乎都是武林人士，没有统兵作战的优秀光环。唯一有优秀光环的袁承志又遭尚之信猜忌，对金蛇营种种限制。
尚之信自不会像他表现般的那么听从前明公主的号令，不过是在利用前明资源。
连年征战让他兵力逐渐匮乏，要知道补充兵力加上训练，都是需要大量钱财。前明旧朝势力既不能为他提供这些金钱，便逐渐想着怎么将其卖个“好价钱”。铲除内忧的同时，自身再获利一笔——满清和前明乃是世仇，是个不错的买家……
关中李阀没了命之子后发展缓慢，主要是敌人一直在外虎视眈眈。不过蒙古既已分裂，那便没什么好怕的了。几经周折终于联合上吐蕃、吐谷浑二国，对着蒙古“汝阳王”势力联合发难。
齐王元吉领兵出战，同吐谷浑的慕容伏骞及吐蕃鸠摩智根据自身武学训练出的一支僧兵军队一起，打得汝阳王大军节节败退。汝阳王联合突厥势力，这才稳住战局。
长安城内也是风起云涌，祝玉妍并未听从徒弟婠婠的建议，拒绝了其请慕容复助战的提议。慕容复是她看中的实现阴癸派理念之人，怎能让对方有所差池。
她清楚的知道，邪王石之轩当年是连四大圣僧及宁道奇联手都留之不下的人物，此战太过凶险，她不能冒险。于是她找到了城内暗伏的“大明尊教”势力，最后请出来“大尊”许开山及“圣母”莎芳。
历尽艰辛终于找到石之轩，以四人之力也奈何邪王不得，许开山和莎芳被其一一杀死，祝玉妍关键时刻使出“玉石俱焚”，将其重创，婠婠含泪逃走奔往竟陵……
南宋地界，旭烈兀没了蒙古后方的支援，又被吐蕃吐谷浑两国断了后路，面对统治地区不断的起义，开始逐渐力不从心，于是集结军队向蜀中撤去。蜀中及云南大半尚在蒙古统治之郑
不过在他赶到四川之前，得到了郭靖的大周先一步攻入蜀中的消息。这时蜀中尚有蒙军，旭烈兀挥军入蜀与之相争，奈何被大周扼住入蜀的各处险要，急切攻之不下。
在得到蜀中蒙军全灭的消息后，旭烈兀无奈带军撤往云南，去平定那里的“摆夷之乱”，前大理世子段誉十分活跃，需得早除，以绝后患。
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