经历了一夜的惊险逃亡，柯南和灰原哀终于在黎明破晓前找到了一处暂时的安身之所——阿笠博士家。阿笠博士热情地接纳了灰原哀，看着这两个家伙疲惫又狼狈的模样，心疼不已。
经过短暂的休息，清晨的阳光洒进房间，柯南和灰原哀渐渐恢复了精神。然而，宁静并未持续太久，柯南的侦探徽章突然响起，是目暮警官的声音：“柯南，米花町发生了一起凶杀案，现场情况有些复杂，你能不能来一趟？”
柯南眼中立刻闪过兴奋与专注的光芒，他看了看灰原哀，道：“我得去一趟案发现场，你……”
“我和你一起去。”灰原哀毫不犹豫地打断他，眼神坚定，“一直躲着也不是办法，而且，也许我能帮上忙。”
柯南微微一愣，随即点零头。两人很快赶到了案发现场，米花町的一栋老式公寓内。警戒线外围满了好奇的围观群众，警察们正在忙碌地收集证据。
柯南和灰原哀穿过警戒线，走进屋内。死者是一名中年男性，倒在客厅中央，周围一片凌乱，看样子死前曾与凶手有过激烈搏斗。
目暮警官看到柯南，立刻迎了上来：“柯南，你可来了。死者是这公寓的住户，名叫山本一郎，是一家公司的职员。据邻居反映，昨晚听到了争吵声，但具体内容没听清。”
柯南蹲下身子，仔细观察着尸体，发现死者颈部有一道深深的勒痕，初步判断是被勒死的。在死者身旁，有一条断裂的领带，很可能就是凶器。
灰原哀也在一旁观察着四周，她注意到窗户是开着的，窗台上似乎有脚印。“柯南，凶手可能是从窗户逃走的。”她指着窗台道。
柯南点零头，顺着她指的方向看去：“没错，而且看脚印的大和形状，应该是个成年男性。但这只是初步判断，还需要更多证据。”
两人开始在房间里仔细搜寻线索。在书架旁，柯南发现了一本被翻开的笔记本，上面记录着一些奇怪的数字和符号。“这些数字看起来像是某种密码，难道和死者的身份有关？”柯南喃喃自语道。
灰原哀凑过来，看了看笔记本：“这些符号我好像在哪里见过……让我想想。”她陷入了沉思。
与此同时，警方对公寓内的其他住户进行了询问。一位住在对门的老太太提供了一条重要线索：“昨晚我看到山本先生和一个陌生男人一起回来，那个男人看起来很凶，还戴着一顶黑色帽子。”
柯南和灰原哀听到这个线索后，对视了一眼。“戴着黑色帽子的男人，很可能就是凶手。”柯南道。
就在这时，灰原哀突然眼睛一亮：“我想起来了，这些符号和黑衣组织的一种通讯密码很相似，但又有些不同。也许死者和组织有什么关联。”
柯南心中一紧，如果真如灰原哀所，那么这起凶杀案恐怕就不仅仅是普通的刑事案件了。他决定顺着这条线索查下去，看看能否揭开背后隐藏的真相。
他们继续在房间里寻找线索，希望能找到更多与凶手和死者身份有关的证据。而随着调查的深入，案件似乎变得越来越复杂，一个更大的谜团逐渐浮出水面，这一切，又是否与黑衣组织有着千丝万缕的联系呢？柯南和灰原哀能否解开这个谜团，找出真正的凶手？
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